Leistungsverzeichnis

panel : ID118.02
Coffin-Siris-Syndrom (CSS) : 14 Gene (46,473 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
ARID1A 614607 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS2) SNV und CNV: Short Read NGS
ARID1B 135900 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS1) SNV und CNV: Short Read NGS
ARID2 617808 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS6) SNV und CNV: Short Read NGS
BICRA 619325 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS12) SNV und CNV: Short Read NGS
DPF2 618027 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS7) SNV und CNV: Short Read NGS
PHF6 301900 XLR Borjeson-Forssman-Lehmann-Syndrom (BFLS) SNV und CNV: Short Read NGS
SMARCA2 601358 AD Nicolaides-Baraitser-Syndrom (NCBRS) SNV und CNV: Short Read NGS
SMARCA4 614609 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS4) SNV und CNV: Short Read NGS
SMARCB1 614608 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS3) SNV und CNV: Short Read NGS
SMARCC2 818362 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS8) SNV und CNV: Short Read NGS
SMARCD1 618779 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS11) SNV und CNV: Short Read NGS
SMARCE1 616938 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS5) SNV und CNV: Short Read NGS
SOX4 618506 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS10) SNV und CNV: Short Read NGS
SOX11 615866 AD Coffin-Siris-Syndrom (CSS9) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Coffin-Siris-Syndrom (CSS)
ARID1A, ARID1B, ARID2, BICRA, DPF2, PHF6, SMARCA2, SMARCA4, SMARCB1, SMARCC2, SMARCD1, SMARCE1, SOX11, SOX4
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ARID1A, ARID1B, ARID2, BICRA, DPF2, PHF6, SMARCA2, SMARCA4, SMARCB1, SMARCC2, SMARCD1, SMARCE1, SOX11, SOX4
HPO Terms
Intellectual disability, Developmental delay, Hypotonia, Microcephaly, Short stature, Absent fifth fingernail, Absent fifth toenail, Nail abnormalities, Coarse facial features, Broad nasal bridge, Thick eyebrows, Low set ears, Micrognathia, Wide mouth, Conical tooth, Microdontia, Absent fifth finger, Absent fifth toe, Agenesis of corpus callosum, Short 5th finger
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