Leistungsverzeichnis - Pontozerebelläre Hypoplasie (PCH) : 26 Gene (60,543 kb)

Material	Dauer	Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut	3 - 5 Wochen	ja

Untersuchte Bereiche / Gene

Genotyp	OMIM-P	Erbgang	Phänotyp	Methodik
AMPD2	615809	AR	PCH9	SNV und CNV: Short Read NGS
CASK	300749	XLD	PCH (MICPCH)	SNV und CNV: Short Read NGS
CDC40	619302	AR	PCH15	SNV und CNV: Short Read NGS
CHMP1A	614961	AR	PCH8	SNV und CNV: Short Read NGS
CLP1	615803	AR	PCH10	SNV und CNV: Short Read NGS
COASY	618266	AR	PCH12	SNV und CNV: Short Read NGS
EXOSC1	619304	AR	PCH1F	SNV und CNV: Short Read NGS
EXOSC3	614678	AR	PCH1B	SNV und CNV: Short Read NGS
EXOSC8	616081	AR	PCH1C	SNV und CNV: Short Read NGS
EXOSC9	618065	AR	PCH1D	SNV und CNV: Short Read NGS
MINPP1	619527	AR	PCH16	SNV und CNV: Short Read NGS
PCLO	608027	AR	PCH3	SNV und CNV: Short Read NGS
PPIL1	619301	AR	PCH14	SNV und CNV: Short Read NGS
RARS2	611523	AR	PCH6	SNV und CNV: Short Read NGS
RELN	257320	AR	PCH (LIS2)	SNV und CNV: Short Read NGS
SEPSECS	613811	AR	PCH2D	SNV und CNV: Short Read NGS
SLC25A46	619303	AR	PCH1E	SNV und CNV: Short Read NGS
TBC1D23	617695	AR	PCH11	SNV und CNV: Short Read NGS
TOE1	614969	AR	PCH7	SNV und CNV: Short Read NGS
TSEN2	612389	AR	PCH2B	SNV und CNV: Short Read NGS
TSEN15	617026	AR	PCH2F	SNV und CNV: Short Read NGS
TSEN34	612390	AR	PCH2C	SNV und CNV: Short Read NGS
TSEN54	277470	AR	PCH2A	SNV und CNV: Short Read NGS
TSEN54	225753	AR	PCH4	SNV und CNV: Short Read NGS
TSEN54	610204	AR	PCH5	SNV und CNV: Short Read NGS
VPS51	618606	AR	PCH13	SNV und CNV: Short Read NGS
VPS53	615851	AR	PCH2E	SNV und CNV: Short Read NGS
VRK1	607596	AR	PCH1A	SNV und CNV: Short Read NGS

Methodik

ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.

Pontozerebelläre Hypoplasie (PCH)

AMPD2, CASK, CDC40, CHMP1A, CLP1, COASY, EXOSC1, EXOSC3, EXOSC8, EXOSC9, MINPP1, PCLO, PPIL1, RARS2, RELN, SEPSECS, SLC25A46, TBC1D23, TOE1, TSEN15, TSEN2, TSEN34, TSEN54, TSEN54, TSEN54, VPS51, VPS53, VRK1

Kosten

Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.

Gesamte Genliste

AMPD2, CASK, CDC40, CHMP1A, CLP1, COASY, EXOSC1, EXOSC3, EXOSC8, EXOSC9, MINPP1, PCLO, PPIL1, RARS2, RELN, SEPSECS, SLC25A46, TBC1D23, TOE1, TSEN15, TSEN2, TSEN34, TSEN54, VPS51, VPS53, VRK1

HPO Terms

Hypoplasia of the pons, Cerebellar hypoplasia, Cerebellar atrophy, Spasticity, Global developmental delay, Seizure, Microcephaly, Hypotonia, Dysarthria, Dysphagia, Optic atrophy, Hearing impairment, Feeding difficulties in infancy, Respiratory insufficiency, Abnormal periventricular white matter morphology, Agenesis of the corpus callosum, Hyperreflexia, Gait ataxia, Intellectual disability, Abnormal brainstem morphology