Leistungsverzeichnis

panel : ID197.00
Letales kongenitales Kontraktursyndrom (LCCS) : 12 Gene (34,599 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
ADCY6 616287 AR LCCS8 SNV und CNV: Short Read NGS
ADGRG6 616503 AR LCCS9 SNV und CNV: Short Read NGS
CNTN1 512540 AR LCCS (MYPCN) SNV und CNV: Short Read NGS
CNTNAP1 616286 AR LCCS7 SNV und CNV: Short Read NGS
DNM2 615368 AR LCCS5 SNV und CNV: Short Read NGS
ERBB3 607598 AR LCCS2 SNV und CNV: Short Read NGS
GLDN 617194 AR LCCS11 SNV und CNV: Short Read NGS
GLE1 253310 AR LCCS1 SNV und CNV: Short Read NGS
MYBPC1 614915 AR LCCS4 SNV und CNV: Short Read NGS
NEK9 617022 AR LCCS10 SNV und CNV: Short Read NGS
PIP5K1C 611369 AR LCCS3 SNV und CNV: Short Read NGS
ZBTB42 616248 AR LCCS6 SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Letales kongenitales Kontraktursyndrom (LCCS)
ADCY6, ADGRG6, CNTN1, CNTNAP1, DNM2, ERBB3, GLDN, GLE1, MYBPC1, NEK9, PIP5K1C, ZBTB42
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ADCY6, ADGRG6, CNTN1, CNTNAP1, DNM2, ERBB3, GLDN, GLE1, MYBPC1, NEK9, PIP5K1C, ZBTB42
HPO Terms
Arthrogryposis multiplex congenita, Fetal akinesia sequence, Decreased fetal movement, Respiratory distress, Respiratory failure, Respiratory insufficiency due to muscle weakness, Muscle weakness, Generalized hypotonia, Limb contracture, Joint contracture of the hand, Congenital onset, Neonatal onset, Neonatal death, Polyhydramnios, Pulmonary hypoplasia, Absent stomach bubble on fetal sonography, Short umbilical cord, Respiratory insufficiency, Contractures, Pulmonary artery stenosis
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