Leistungsverzeichnis

panel : ID006.10
Kolorektales Karzinom : 24 Gene (66,258 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
APC 175100 AD Familiäre adenomatöse Polyposis (FAP1) SNV und CNV: Short Read NGS
ATM 208900 AD Prädisposition für kolorektales Karzinom (AT) SNV und CNV: Short Read NGS
AXIN2 608615 AD AXIN2-assoziiertes Polyposis-Syndrom (ODCRCS) SNV und CNV: Short Read NGS
BAP1 614327 AD Tumorprädispositionssyndrom (TPDS1) SNV und CNV: Short Read NGS
BMPR1A 174900 AD Juveniles Polyposis-Syndrom (JPS) SNV und CNV: Short Read NGS
BMPR1A 610069 AD Gemischtes Polyposis-Syndrom (HMPS2) SNV und CNV: Short Read NGS
CHEK2 609265 AD Tumorprädispositionssyndrom (TPDS4) SNV und CNV: Short Read NGS
EPCAM 613244 AD Lynch-Syndrom (HNPCC8, LYNCH8) kein SNV, nur CNV-Analyse aus SR-NGS
FLCN 114500 AD FLCN-assoziiertes Polyposis-Syndrom SNV und CNV: Short Read NGS
GREM1 601228 AD Gemischtes Polyposis-Syndrom (HMPS1) SNV und CNV: Short Read NGS
MBD4 619975 AR Tumorprädispositionssyndrom (TPDS2) SNV und CNV: Short Read NGS
MLH1 609310 AD Lynch-Syndrom (HNPCC2, LYNCH2) SNV und CNV: Short Read NGS
MSH2 120435 AD Lynch-Syndrom (HNPCC1, LYNCH1) SNV und CNV: Short Read NGS
MSH3 617100 AR Familiäre adenomatöse Polyposis (FAP4) SNV und CNV: Short Read NGS
MSH6 614350 AD Lynch-Syndrom (HNPCC5, LYNCH5) SNV und CNV: Short Read NGS
MUTYH 604933 AR Familiäre adenomatöse Polyposis (FAP2) SNV und CNV: Short Read NGS
NTHL1 616415 AR Familiäre adenomatöse Polyposis (FAP3) SNV und CNV: Short Read NGS
PMS2 614337 AD Lynch-Syndrom (HNPCC4, LYNCH4) SNV und CNV: Short Read NGS
POLD1 612591 AD Prädisposition für kolorektales Karzinom (CRCS10) SNV und CNV: Short Read NGS
POLE 615083 AD Prädisposition für kolorektales Karzinom (CRCS12) SNV und CNV: Short Read NGS
PTEN 158350 AD Hamartomatöses Polyposis-Syndrom (PHTS) SNV und CNV: Short Read NGS
RNF43 617108 AD Serratiertes Polyposis-Syndrom (SSPCS) SNV und CNV: Short Read NGS
SMAD4 174900 AD Juveniles Polyposis-Syndrom (JPS) SNV und CNV: Short Read NGS
STK11 175200 AD Hamartomatöses Polyposis-Syndrom (PJS) SNV und CNV: Short Read NGS
TP53 151623 AD Tumorprädispositionssyndrom (LFS) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Kolorektales Karzinom
APC, ATM, AXIN2, BAP1, BMPR1A, BMPR1A, CHEK2, EPCAM, FLCN, GREM1, MBD4, MLH1, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NTHL1, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, RNF43, SMAD4, STK11, TP53
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
APC, ATM, AXIN2, BAP1, BMPR1A, CHEK2, EPCAM, FLCN, GREM1, MBD4, MLH1, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NTHL1, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, RNF43, SMAD4, STK11, TP53
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